Apesar de manter sua vida pessoal longe da mídia, seus relacionamentos sempre causavam polêmicas e controvérsias entre o público. Seu primeiro namorado foi com o cantor Marcos Quintela, que fez parte do grupo Dominó, o relacionamento de Eliana com Marcos foram de 6 anos.
Anos depois, Eliana namorou o apresentador Luciano Huck, onde o mesmo a presenteou com um cãozinho Snow, que aparece na capa de seu sexto álbum de estúdio Eliana. Mas em 1999, após quase dois anos de namoro, Luciano foi visto traindo Eliana com a cantora Ivete Sangalo, o que levou ao rompimento da relação.
Ainda em 1999, começou a namorar com o empresário Roberto Justus. Os dois se conheceram em um jantar na casa do apresentador Otávio Mesquita. A relação dos dois chegou a um noivado, que chegou ao fim após um ano e meio.
Em 2002, Eliana começou a namorar seu amigo, Edu Guedes. Os dois já eram conhecidos há mais de nove anos. Se casaram no dia 11 de dezembro de 2004 na residência do casal. Seu casamento chegou ao fim no dia 17 de abril de 2007. Segundo informações da Revista Isto É Gente publicada no dia 25 de abril de 2007, amigos do casal confirmaram que o motivo da separação do casal era o ciúme excessivo de Edu Guedes para com Eliana.
Em 2008, Eliana assumiu namoro com o que se tornaria seu marido, o músico João Marcelo Bôscoli, filho da cantora Elis Regina. Foi com João que Eliana teve seu primeiro filho, Arthur, que nasceu no dia 10 de agosto de 2011.21 Em 20 de março de 2014, a assessoria de imprensa de Eliana anunciou o fim do casamento da apresentadora com o músico, após 6 anos de casados.22 Segundo a revista Contigo!, Eliana terminou o relacionamento após descobrir uma traição.